一个快速绘制热图的在线工具

2020-01-19

为了争夺“5G”,美国接连针对中国๑通信公司。去年4月16日⊙,美国商务部¤公布对中兴制裁,折腾了4个多月,※交了14亿美元保护费后才罢手。接着,开始着手搞华为,最近两天┕,谷歌暂停支持华为部分业务……



其实,OmicShare最近也在持续经受网络攻击,导致很多用户都§不能正常访问OmicSahre论坛。针对幕后′黑手,我想说有这时间和精力为什么不提高自己的业务能力,选择要走邪路呢?只会窝里横,有本事搞美国企业去?

言归正传,今天给大家ↅ介绍一个简单易上手的在线热图绘制工具,它★是OmicShareл tools中最受欢迎的工具,上线不到两年,目前已有近100多篇SCI文章引用。

工具网址:http『://www.omicsh┛are.com/tools/

表达量热图绘☠制

♠ ▌ ·

数据╳准备

先把数据准备好,数据可以是gene的表达量数据、物种的丰度数据等。你可以对表格做些自定义筛选和整理,也可以直接使用结题报告给的表达量总表而不做整理。这里ρ的范例数据σ是用Excel 整理的9个样本、30个gene(表达量TOP3"0)♣的表达量表格。

注意,最К后把Excюel中整理好的文件另存为“制表符分隔的”txt文件,如下图,OmicShare和几乎所有的生信在线工╪具一样不支持щExcel格式。另外表格中不要出现中文、空格、特殊符号比如()、?、*、[ ]、$等等。


参数设置■


接下来将表达量数据上传到我的数据,方法如下:$


▼ ↇ


在我的软件中找到“热图”工具,如下图,然后进入⇔工具页面。

任务编号会随机生成,点绿色的选择文件按钮,选择刚才″上传到云端的表达量表格Ⅹ。当然你╥可以直接点♀浏览本地文件按钮,用本地文件做分析,只不〧过每次用该数据分析时都需要上传一遍。



数据选择,这里选1-10列(所有列,包括行名),使用前31行(包括列名)数据作图;数据按行做归一化,并对行和列经行聚类;然后自定颜色为“蓝白黄”渐变;热图格子的长度和高度,这里不填写,默认ё-为自适应画布,最后,将格子的“边框(边界)”设为显示。



点击蓝色的提交按钮,会自动跳转δ到我的任务页面,大约10多秒左右①刷新任务即可,然后下载作图结果。文件#预览按钮仅仅用作查看作图是否成功,图表比例可能被拉伸,最终的绘图效果以下载文件结果为准。若没有图,可点运行信息按钮∏查看报错信息。


绘制ν效果如下:

相关性热图绘制


下载结果


刷新任务后,下载作图⌒结果,最终效┖果如下:



这是Omicshare tooπls系列教程介绍的第ì三个工具,对GO和KEG⊙G富集分析感兴趣也⌒可查看这篇《如何◢轻松完成GO、KEGG富集分析》。今天的内容就到这里啦~


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